Поскольку из ила, насколько понял, торчит лишь верхняя палуба, то пробоина от прямого  попадания торпеды в подводную его часть или от подкилевого её взрыва попросту не видна.
Дело в том, что погибло судно ни от какой не бомбежки, а от попадания одной из двух торпед, сброшенных торпедоносцем Хе-111 из первой эскадрильи авиагруппы  I/KG28.
Эта группа участвовала в июльских налетах на Москву, но в середине августа первая её эскадрилья перелетела в Румынию, и несколько её машин было переоборудованы в торпедоносный вариант для воздействия на наши перевозки в Одессу, чтобы помочь румынам побыстрее её захватить.  Кстати, 29-го августа два этих торпедоносца погибли при потоплении нашего транспорта "Каменец-Подольск". Одного записали на свой счет зенитчики сторожевого катера МО-33, а другой упал в воду, зацепившись за мачты транспорта в вечерних сумерках.

Атака же "Армении"  хорошо документирована как с нашей, так и с немецкой стороны. Самолет, зайдя со стороны берега, со сверхмалой высоты сбросил с дистанции 600 метров две торпеды, одна из которых прошла мимо, а другая поразила судно. Поскольку транспорт шел в эскорте двух сторожевых катеров и под воздушным прикрытием двух наших истребителей, то атака эта хорошо документирована, чтобы сомневаться в её "официальной версии".  Свидетелей было предостаточно. 
Да и от попадания бомб суда такого водоизмещения быстро не тонут даже при сильных повреждениях, а это затонуло за 4 (четыре ! ) минуты. Это значит, что если судно это будет когда-либо обследовано более предметно, то в подводной его части найдут огромадную дыру, которая сейчас попросту не видна под илом, но в которую и грузовик проедет.